la primera te sirve para decalarar matrices de 'n' filas
donde cada fila tiene un numero indeterminado e columnas es decir, la primera fila tiene por ejemplo 5 columnas, la segunda tiene 2 etc etc... segun lo que necesites
por esta razon eso no se llama matriz sino suele llamarse jagged array
y la segunda si son propiamente matrrices de 'n' filas por 'm' columnas, es decir todas y cada una de las filas tienen el mismo numero de columnas por lo que si es realmente una matriz.
como es de suponerce la primera tiene más implicaciones de rendimiento que la segunda.