Nagisa:
Solucion : sacar tus resultados en otro ficheros llamada cuenta (o algo asi).
el fichero de entrada es un documento de texto (estos escritos con el notepad) y tenía entendido que se usaba el ascii para guardar los datos en ellos (pero parece que no, y eso que al guardar el archivo le digo que lo guarde como ANSI).Si le das a Save as (guardar como) en el notepad vas a ver un combobox llamado Encoding con cuatro opciones, la que se usa por defecto y casi siempre ANSI, Unicode, Unicode Big Endian, y UTF-8. Seguramente el texto esta en ANSI y el problema es el codigo de pagina.