en cualquier sistema NTFS es mejor que FAT32
porque NTFS incorpora controles de seguridad para acceso de los archivos y adicionalmente incorpora estructuras que evitran los ya comunes errores de redundancia ciclicica en FAT entre otras cosas.
NTFS es en teoría más rápido por muchas razones entre ellas el control de tamaño de bloque y ultimamente la posibilidad de convertirse en discos dinamicos, pero de todas maneras es apenlas logico saber que estas caracteristicas espcialmente las de seguridad tienen un costo en performance.
Adicionalmente, en mi concepto, lo peor que puedes hacer es cambiar de un sistema de archivos a otro pues las veces que lo he ehecho he obtenido un sistema considerablemente lento, lo ideal es que formatees tu disco y desde un comienzo uses NTFS, de este modo podras aprovechar las caracteristicas de NTFS sin tener un bajo rendimiento.
