Significa que para compilar, vincular, etc. necesitas utilizar el interprete de comandos de tu sistema operativo, este es command.com en MS Windows 95/98/ME y cmd.exe en MS Windows NT/2000/XP.
Si nunca has utilizado un interprete de comandos entonces seria mejor que primero mejoraras tu manejo del sistema operativo que utilizas y sus aplicaciones de soporte antes de que empezaras a estudiar programacion.
Esto porque cuando empieces a aprender C (o C++ o Java) las primeras aplicaciones que desarrolles van a ser aplicaciones de consola.
Un saludo