SoloCodigo

Mira yo no tengo ese problema pero estoy trabajando lo mismo quetu, asi que espero que te sirva esto que encontré, para que cierres tu jrame interna, aunque yo si puedo abrir varias ventanas sin cerrar las demas y no causa problemas, seria ver como estas declarando las Jinternalframe.

import java.awt.*;
import java.awt.event.*;
import javax.swing.*;
import javax.swing.event.*;

public class Modal  {

  static class ModalAdapter
extends InternalFrameAdapter {
    Component glass;

    public ModalAdapter(Component glass) {
this.glass = glass;

// Associate dummy mouse listeners
// Otherwise mouse events pass through
MouseInputAdapter adapter =
  new MouseInputAdapter(){};
glass.addMouseListener(adapter);
glass.addMouseMotionListener(adapter);
    }

    public void internalFrameClosed(
  InternalFrameEvent e) {
glass.setVisible(false);
    }
  }

  public static void main(String args[]) {
    final JFrame frame = new JFrame(
"Modal Internal Frame");
    frame.setDefaultCloseOperation(
JFrame.EXIT_ON_CLOSE);

    final JDesktopPane desktop = new JDesktopPane();

    ActionListener showModal =
  new ActionListener() {
public void actionPerformed(ActionEvent e) {

  // Manually construct a message frame popup
  JOptionPane optionPane = new JOptionPane();
  optionPane.setMessage("Hello, World");
  optionPane.setMessageType(
    JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
  JInternalFrame modal = optionPane.
    createInternalFrame(desktop, "Modal");

  // create opaque glass pane
  JPanel glass = new JPanel();
  glass.setOpaque(false);

  // Attach modal behavior to frame
  modal.addInternalFrameListener(
    new ModalAdapter(glass));

  // Add modal internal frame to glass pane
  glass.add(modal);

  // Change glass pane to our panel
  frame.setGlassPane(glass);

  // Show glass pane, then modal dialog
  glass.setVisible(true);
  modal.setVisible(true);

  System.out.println("Returns immediately");
}
    };

    JInternalFrame internal =
new JInternalFrame("Opener");
    desktop.add(internal);

    JButton button = new JButton("Open");
    button.addActionListener(showModal);

    Container iContent = internal.getContentPane();
    iContent.add(button, BorderLayout.CENTER);
    internal.setBounds(25, 25, 200, 100);
    internal.setVisible(true);

    Container content = frame.getContentPane();
    content.add(desktop, BorderLayout.CENTER);
    frame.setSize(500, 300);
    frame.setVisible(true);
  }
}

espero te sirva, si no dime como esta declarada la jinternalframe

oye, trate de ejcutar tu programa pero me marca error al tratar de cargar el paquete de facturacion2, creo que falta un paquete o algo asi que se llama com.Borland.jdbc1.layout.*;

si lo tienes envíamelo, mientras tratare de checar que es lo que esta causando ese error.