Lamentablemente no, porque en tu control para windows forms puede que estes usando controles intrinsecos de winforms, y estos no corren en webforms, pero si siguieras esa logica puedes llegar a crear controles ActiveX (estos son los controles que al desplegarlos en tu pagina tienes que descargarlos para que se instalen y luego recien los podras usar, son los que comunmente usan los spyware, etc.) a no ser con fines muy necesarios ahi si se necesitara controles ActiveX porque de otra forma la mayoria de las personas lo ven a estos controles molestos (por la necesidad de descargarlos) y aparte la mayoria por culpa de los spyware desconfia mucho de este tipo de controles y prefieren no descargarlos.
En fin, te recomiendo que realices aparte tus controles para winforms y para webforms, y en casos muy urgentes (aparte los ActiveX son compatibles con Internet Explorer y no creo que tengan gran compatibilidad con otros browsers) usa ActiveX.
Salu2