Hola, no se si he entendido bien lo que necesitas pero creo que es que tu programa se ejecute al iniciar el SO. Si estás usando windows lo puedes hacer de dos maneras, una muy fácil y otra más elaborada.
La fácil consiste en copiar un acceso directo de tu programa a la carpeta inicio del menú inicio->programas. De esta manera cada vez que arranque windows lo cargará.
La otra consiste en modificar el registro de windows añadiendo una clave en la siguiente dirección: HKEY_LOCAL_MACHINE -> software -> microsoft -> windows -> current version -> run
(espero que lo haya puesto bien porque no lo he comprobado).
También puedes hacer que se ejecute cuando inicia sesión un usuario en concreto agregando la clave en la misma dirección pero en HKEY_CURRENT_USER.
De esta manera cada vez que inicie windows iniciará tu programa y hará lo que tiene que hacer.
Existen funciones de la API de windows para modificar el registro, si las necesitas pídelas en este foro.
Espero que te sirva de ayuda.
Un saludo.