Cuando yo me encuentro con ese problema en mis aplicaciones, lo que hago es crear distintas base de datos, por ejemplo si estamos hablando de un sistema de ventas yo me creo las siguientes bases de datos
Clientes- CRM
Credito-(Control de tipo de creditos)
PTVenta-Tablas(Almacenes,Existencias,Catalogos,cajas,etc)
A lo que quiero llegar es que mejor hagas tus bases de datos de una forma en la que cuando quieras saver como manipular un tipo de informacion pienses primero en que base de datos podria estar y no en que tabla.
Espero y te ayude en algo.
