Hola, hacé esto:
Logueate en phpMyAdmin como administrador (tenés que ver la base de datos mysql).
Entonces te vas a la parte de privilegios, ahí podés crear usuarios, eliminarlos, decidir qué tipos de consultas pueden hacer (SELECT, UPDATE) sobre qué base de datos o tabla.
Ningún usuario salvo el administrador debe tener acceso a la base de datos mysql y por ejemplo al usuario Pepe dale privilegios para que "solo pueda hacer consultas SELECT" y listo, ahí pueden entrar pero no modificar.
Eso es en cuanto a mysql y lo tenés que hacer cuando hay muchas personas que usan phpMyAdmin o algún otro programa, pero si el sistema que estás haciendo es independiente te sugiero que te armes una tablita de usuarios con los privilegios de cada uno.
Espero que te sirva.
Gabriel S. Luraschi