Ya mas o menos entiendo tu problema, lo que pasa que en tu programa tu abres la base de datos de esta forma:
sTabla = CurDir() + "Mitabla.dbf"
Use (sTabla)
Pero como al momento de instalar y mucho menos si tiene un link en el escritorio de windows, el programa siempre te va a redireccionar a c:\windows\escritorio a menos que manualmente en el icono de acceso directo, cambies la ruta que dice "INICIAR EN:" ahi lo pones "c:\archivos de programas\miapp"
Sino en el mismo instalador al acceso directo lo asignas la ruta en la que se instalo los datos, yo tengo uno hecho en Inno Setup, si quieres te lo puedo pasar para que lo pruebes ... yo ya supere ese problema.
Salu2
Cyclopz