La mejor forma de protegerlo es no dárselo a nadie...
(perdón, hoy estoy medio chistoso)
¿A qué te referís con proteger, querés hacer un shareware, o sea que lo puedan usar pero limitadamente si no se registran?
¿O, como parecería por lo que decís en tu post, registrarlo como propiedad intelectual?
Si es así tenés que averiguar en tu país, y eso tiene un costo, por ejemplo acá en Argentina averigüé en una consultora hace un par de años y me dijeron que costaba como $250.
Lo que también me asesoraron es que los derechos de autor son tuyos aunque no lo registres, el tema de registrarlo sirve para agilizar los trámites en el caso de un litigio.
Además te digo: el software es muy difícil de hacer que nadie tome tu idea y haga algo parecido. Con que le cambie algunas cosas ya está, ya no es lo mismo.
Para eso habría que estudiar bien las leyes y deben ser diferentes en cada país (si hay).
Ahora, si vos no das el código fuente, lo pueden hacer, pero se van a tener que poner a trabajar desde 0 como hiciste vos.
Saludos y suerte con tu proyecto,
Javier