Hola.
No veo mucho sentido en la práctica a lo que pretendes... sería mucho más sencillo (y económico en almacenamiento) agregar todos los archivos comprimidos en un zip o similar.
De todas formas el asunto podría hacerse siguiendo estos pasos:
1 - Copia el ejecutable principal, por ejemplo PPAL.EXE, con por ejemplo nombre CONTENEDOR.EXE.
2 - Abre CONTENEDOR.EXE en modo binario.
3 - Escribe al final de CONTENEDOR.EXE el nombre del archivo que vas a añadir (PPAL.EXE)
4 - Escribe al final de CONTENEDOR.EXE el tamaño en bytes que tenga el nombre de archivo (PPAL.EXE = 8 bytes), empaquetado en 2 bytes debería sobrar.
5 - Escribe al final de CONTENEDOR.EXE el tamaño en bytes que tenga PPAL.EXE (empaquetado en 4 bytes debería llegar).
6 - Abre el archivo AÑADIR_1.EXE también en modo binario y escribe en CONTENEDOR.EXE los bytes correspondientes.
7 - Escribe al final de CONTENEDOR.EXE el nombre del archivo que acabas de añadir (AÑADIR_1.EXE)
8 - Escribe al final de CONTENEDOR.EXE el tamaño en bytes que tenga el nombre de archivo (AÑADIR_1.EXE = 12 bytes), empaquetado en 2 bytes debería sobrar.
9 - Escribe al final de CONTENEDOR.EXE el tamaño en bytes que tenga AÑADIR_1.EXE (empaquetado en 4 bytes debería llegar).
10 - Repite los pasos 7, 8 y 9 con cuantos archivos desees añadir.
Por supuesto PPAL.EXE (ahora ya CONTENEDOR.EXE) debe estar preparado para hacer lo siguiente.
1 - Abrirse a si mismo en modo binario.
2 - Leer 4 bytes de CONTENEDOR.EXE desde el offset LOF - 4 para obtener el tamaño del archivo a extraer.
3 - Leer 2 bytes de CONTENEDOR.EXE desde el offset LOF - 6 para obtener el tamaño del nombre del archivo.
4 - Leer n=Tamaño_nombre_archivo bytes de CONTENEDOR.EXE desde el offset LOF - 6 - Tamaño_nombre_archivo para obtener el nombre de archivo original.
5 - Abrir el archivo cuyo nombre obtuviste en el paso anterior en modo binario.
6 - Leer de CONTENEDOR.EXE tantos bytes como tenga el tamaño de archivo obtenido en el punto 2, desde el offset offset_anterior - tamaño archivo.
7 - Escribe los bytes que leiste en el punto anterior en el nombre de archivo.
8 - Imagino que ya habrás pillado la mecánica del asunto... sigue hasta que el offset sea = 0.
Suerte.
