hola fozter.
debes hacer lo siguiente.
esto lo debes hacer en el archivo AUTOEXEC.BAT que se encuetra en win9x, ahora bien si estas en winXP debes ir MiPc y dar click derecho propiedades, luego buscas en una de las pestañas, la verdad no me acuerdo cual es por que ahora estoy en vacaciones fuera de mi casa y estoy en un equipo con win98, pero en la pestaña que te digo, existe un boton que se llama opciones avanzadas y en la ventana que se muestra al dar click buscas un boton que se llama nuevo, realmente hay dos, debes dar click en el de abajo y hay colocas lo que esta abajo pero de la siguiente forma donde dice nombre de la variable colocas lo que esta antes del igual pero si set.
set JAVA_HOME=C:\JDK1.X.X
set CLASSPATH=.;%JAVA_HOME%\LIB;j%JAVA_HOME%\JRE\LIB\RT.JAR
set PATH=%PATH%;%JAVA_HOME%\BIN
bien ahora para ejecutarlo yo te recomiendo despúes de haber hecho esto reiniciar el equipo, luego ir a ms-dos o cmd y uvicarte en la carpeta donde tienes el archivo .java y hacer lo siguiente
primero pueva esto:
javac HolaMundo.java
java HolaMundo
si esto no te sirve entoces prueba con esto escribiendo en la consola
set HOME=C:\JDK1.X.X
set HOME_CLASSPATH=.;%HOME%\LIB;j%HOME%\JRE\LIB\RT.JAR
java -cp "%HOME_CLASSPATH%" HolaMundo
PDT: no te preocupes, "lo mas dificil siempre es empezar" y recuerda "hasta el camino mas largo empiesa con un impulso" y este impulso ya lo tienes.... suerte.