Hola.
A diferencia de los controles de Windows, que se vuelven a dibujar solos cuando algo los ocluye, la ventana de OpenGL sólo se dibuja al hacer el SwapBuffers, así que si algo la tapa se pierde el dibujo que había debajo y se queda pintado lo que la ha tapado. Para remediarlo, has de pintarla cada vez que sea necesario (me parece que la ventana recibe un mensaje del tipo WM_PAINT o algo así, no lo recuerdo con precisión).
Un saludo.
Ruben3d
