Hola,
Te entiendo muy bien, porque yo tambien estuve buscando información acerca de eso.... y no encontre nada que me resolviese el asunto.
Leí muchas cosas y a lo unico que llegue es a lo mismo que has llegado tu, es decir, agregar elemento existente y que te lo copie en vez de meter una referencia.
Mi problema era que necesitaba dos proyectos que funcionaran practicamente igual excepto en un par de páginas. Así que al final opté por implementar todo en un unico proyecto y subir a cada servidor Web solo lo necesario para esa aplicación.
Por otro lado, por si te interesa, un proyecto Web puede tener un Web config en cada subcarpeta. Lo digo porque a mi esto me sirvió para mi proposito, ya que toda la aplicación necesitaba autenticación excepto ese par de paginas... y esas paginas las metí en una subcarpeta con un Web.config que indicaba que no hacía falta autenticación.
Así que siento mucho no poder ayudarte en lo que querías inicialmente, pero he querido aportar mi experiencia en el mismo asunto (creo).
Si finalmente consigues tu proposito, no dudes en escribir al foro indicando brevemente tu solución.
Saludos y suerte.
