Holas, estoy adentrando en el tema y he leido algo acerca del J2EE
Cuando Sun decidió lanzar su nuevo standard Java, llamado Java2, creó tres diferentes entornos para desarrollo y ejecución de aplicaciones, fueron J2SE, J2EE y J2ME.
J2EE (Java 2 Enterprise Edition) está basado en J2SE, pero añade una serie de características necesarias en entornos empresariales, relativos a redes, acceso a datos y entrada/salida que requieren mayor capacidad de proceso, almacenamiento y memoria. La decisión de separarlos es debido a que no todas estas características son necesarias para el desarrollo de aplicaciones standard.
Talves elimine tus dudas. Saludos