No sé si esto te sirva.
Efectivamente al hacer el submit, únicamente se envían los parámetros de los checkboxes que han sido seleccionados, y por lo tanto puedes estar seguro de que todos los demás checkboxes NO fueron seleccionados, o sea que su valor es "0".
¿aún así necesitas que se envíen esos parámetros?
si tu respuesta es sí, entonces otra cosa que puedes hacer es utilizar campos ocultos (<input type=hidden value=xxx>) y de esta forma siempre se van a enviar todos esos valores y por un lado recibir los parámetros de los campos ocultos y por otro lado los de los checkboxes.
Espero que te sirva.