Me imagino que estas usando Windows, esta en
Inicio->Todos los programas->mySQL->MySQL Server 4.1
y hay un acceso directo llamado
MySQL Command Line Client
Esto es si instalaste el mySQL solo sin ningun paquete de esos que te instala todo PHP, APACHE, MySQL
Si no lo encuentras asi estara en la carpeta donde esta el mySQL y hay un directorio llamado bin, te puedes meter por ms dos y ejecutar lo siguiente:
mysql.exe -p -u root
use mysql;
update user set password=old_password('lamalditaclave') where user='root';
flush privileges;
Espero puedas solucionarlo