Hola que tal.
Si vas a cambiar de distibucion puedes hacer que el debian haga una acutualizacion pero esta la debes de hacer con cuidado para que no te elimina la particion que esta en /home, que es lo mas importante.
Pero veo muy dificil que obtengas una buena instalacion al hacer esto, asi que lo recomendable es que agas una nueva instalacion y pues al hacer esto te formateara con su sistema de archivos la particion raiz.
Si tu informacion no la tienes en una particion aparte, pues es recomendable que la respaldes, o la pases a una particion existente en tu compu, y luego instales.
Y por ultimo, si no tienes particiones especiales te recomoendo que cuando instales el Debian hagas como minimo una particion para /home, asi la proxima ves que quieras actualizar o cambiar de *NX no tengas que respaldar tu informacion esn otro lado, ni te preocupes de que la vayas a perder.
Cuando instalas algun UNIX o derivado, se recomienda hacer distintas particiones para que haya un mejor control, manejo y seguridad de tu informacion, pero para una instalacion personal yo recomiendo tener solo una particion para /home y lo demas que quede junto.
Bueno espero te sirva esto, cualquier duda escribela, y suerte con tu instalacion (Buena eleccion {SuSe por Debian})