Espero y le sirva este codigo men.
este codigo ejecuta un .exe en este caso es el block de notas y lo abre con el archivo hola.txt que se encuentra en c:\hola.txt en fin con el metodo exec  de la clase Runtime se ejecuta lo que se quiera de cualquier sistema operativo... 
suerte viejo
[CODE]
        public static void main(String[] args){
            Runtime r = Runtime.getRuntime();
            Process p = null;
            String comando[] = { "notepad","c] );
            }
         }