Si te refieres a que el reloj (de la hora) no se vea, supongo que se tiene hacer modificando el registro, al fin y al cabo, cuando marcas "Mostrar Reloj" lo que se hace es eso, activar o desactivar el que se vea; ahora bien, eso de que deje de contar... no se me ocurre como (¿entonces para que contesto?, diras), por que si solo quieres que "no pase el tiempo", lo que puedes hacer es guardarte la hora al iniciar tu aplicación y reescribirla al final, o en medio o cuando tu veas conveniente, el limite sería, quizá, cada segundo, para que no avance nada.
Ten en cuenta que el chip que cuenta la hora es completamente independiente del sistema, y que lo que hace el sistema el leer desde ese chip.