Creo que he metido la pata creando este post tan rápido sin mirar el foro, porque he estado ojeandolo y he visto que con system("blabla.exe") se pueden ejecutar archivos, y también serviría para Linux. De todos modos si alguien conociera otra forma, o supiera que no hay otra forma de hacerlo me gustaría que me lo dijera. Lo que pretendo es aprender. Muchas gracias!
