El problema se debe a que Win2000, WinMe y WinXP tienen un mecanismo de restauración de archivos del sistema, y cuando intenta actualizarlos el instalador del VB6, no puede reemplazar los archivos antiguos con las nuevas versiones.
El programa de empaquetado tomará los archivos, si es que existen, del siguiente fólder.
C:\Archivos de programa\Microsoft Visual Studio\VB98\Wizards\PDWizard\Redist
Lo que debes verificar es que no instales archivos del sistema que sean de una versión más nueva que la que existe en Win2000, WinMe y WinXP
Si deseas empaquetar con VB6 te recomiendo que instales la última actualización de su Service Pack la #6
Mejor aún, cambia a un instalador como Inno Setup, que es freeware.
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"Corrector Ortográfico de Notas", freeware, utilidad para programadores.
Programa VB6, con diccionario propio.
http://consultapractica.aztecaonline.net/index2.html