Hola, el problema que tienes lo solucionarás rápidamente insertando como primer componente a las ventanas de tu aplicación un widget "Posiiciones estáticas", lo encontrarás en la paleta de widgets, dentro de Gtk+ Básico, es un recuadro con varios botones flotando.
Una vez que insertes este widget podrás situar el resto de componentes encima y distribuirlos como quieras.
