Si utilizas el Setup Factory no tienes que utilizar el empaquetador de Visual Basic, ya que el propio setup factory te escanea el proyecto añadiendo al instalador las dll y ocx que necesite el programa para que funcione correctamente.
Pasos a Seguir:
1º Selecciona Crear un nuevo proyecto con el asistente y sigue los pasos.
2º En Tools/Scan Dependencies, selecciona el ejecutable de tu aplicación para que escanee las dependencias.
3º En tools/Scan Visual Basic Project, selecciona el proyecto de tu aplicación para que escanee las dll y ocx que necesita tu aplicación para que funcione correctamente.
4º Selecciona los ficheros que no te interesan que vayan en el instalador, como por ejemplo los ficheros del código.
5º En el caso de que tu aplicación ataque contra una base de datos y no te la haya añadido por estar ubicada en otra carpeta añade el fichero.
6º Modifica si quieres las ventanas y características del diseño del instalador pulsando en los botones del lado izquiezdo General Design y Screens.
Espero que con esto te hayas aclarado un poco, luego ya es que investiges tu y poco a poco irás descubriendo cosas nuevas.
Un saludo.