Hola:
Sobre lo que quieres, considero que deberias ser un poco mas explicito con tu peticion y definir en realidad que tipo de sistema quieres hacer: si de facturacion, de contabilidad, de compraventa, etc.
Y segun veo, todavia no tienes por donde empezar, ya que has planteado tu problema muy general desde el principio. Por lo que supongo que todavia ni lo has empezado a hacer.
Bueno, en fin si estamos hablando de programacion C, debes documentarte para poder hacer lo que quieres. Porque con respecto al manejo de archivo existen funciones para manejo de los mismos como: "fopen, fprintf, fclose" entre otras que deberias leer para poder hacer lo que quieres. Por otra parte, te recomiendo que busques informacion sobre The C API MySQL que te puede ayudar mucho para trabajar con base de datos, si lo que quieres es hacer un sistema comercial.
Bueno, sigue adelante con tus inquietudes.
Atte. Ariel.
