en tu servidor si es necesario tener el .Net Framework porque ahi se encuentra la libreria de clases y el CLR, que hara que corra tu programa.. Con respecto a las consultas de base de datos de tu aplicacion depende del tipo de identificacion de la otra base de datos, pero podrias crear una variable a nivel del web.config, con el nombre de la conexion y cuando lo llevas a la otra maquina cambiarlo, dependiendo de como se acceda a la base de datos.....
