Giomar :
relajate que es normal, yo lo tengo tambien.
Tengo el XP y el 98 y es cierto, aparecen por todas partres esos archivos.
El thumbs.db en mi caso me lo deja Nero Burner cuando creo un disco multisecion pero igualmente me parece que windows tambien le mete la mano.
El desktop.ini es un archivo que utiliza windows para configurar las carpetas. O sea, Cuando personalizas una carpeta cambiandole el icono o la imagen; se crea dentro de la misma carpeta ese archivo.
Respecto a FOLDER.HTT te puedo decir que este por lo general se encuentra en tu directorio de "archivos de programa" o equivalente y no se lo que hace pero está ahi desde que instalas Windows. En el Win 98 puedes crear estos para cada carpeta en el submenu Personalizar. ¿Para que? No tengo ni idea.
Resumiendo, lo que contas es normal y a veces molesto.