Si tienes Mysql menor a la version 4.1 no se puede realizar un subquery. Posiblemente el error es que prueba 1 no puede ir separado
update prueba set valor = (select sum(valor) from prueba 1);
ademas que la sintaxis debe ser, en caso de que tengas la version adecuada
update prueba set valor = (select sum(valor) from prueba1);
Saludos
Carlos