Eso es porque en algunos sistemas la división en capas no es clara. El contraste claro se ve cuando tienes un linux dañado. Cada capa funciona en tres niveles, por regla general, interfaz con el nivel superior proceso e interfaz con el nivel inferior. Si se daña una aplicación el fallo queda acotado en la aplicación, como mucho afecta a una capa , bastaría desinstalar la aplicación purgar la configuración y reinstalar.
Un caso real: Un usuario queda dañado por una aplicación, el fallo produce la alteración de los archivos de configuracion de su gnome, Solución: salvar sus datos , el fallo esta acotado por la gestión de usuario y por el gestor de ventanas sin posibilidad de propagarse, se elimina el usuario y se crea otra vez recuperando la configuración inicial. El mismo caso en un sistema sin una claraseparación en capas provocaría daños en la gestion de usuarios y en el kernel del S.O, resultado: todo al carajo.
Hasta tal punto llega que si lo deseas podrías sustituir cualquier capa por otra compatible por ejemplo un kernel por otro o un gestor de ventanas por otro y el sistema ni se inmutaría
Un saludo.