Lo que me imagino que abra sucedido es que al actualizar el windows las particiones se modificaron y Lilo no logra cargar. Para solucionar deberias bootear GNU/Linux con el diskette de booteo o algun Cd de booteo, una vez logrado esto montas la particion de tu sistema y ejecutas lilo (de ser necesario modificas /etc/lilo.conf).
Espero me haya podido explicar.