Pues si se pueden ejecutar aplicaciones, pero no todas.........
Mira hay un programa que se llama wine, buscalo en la red, que sea deacuerdo a tu mdk, Los ejecutables en las distro de Linux utilizan xx.rpm i386 binarios(bueno en Red Hat ,SuSE,Mandrake, para debien por ejemplo xx.deb, para window$ xx.exe), wine te permite correr algunas aplicaciones en las diferentes distros de Linux, emula el ejecutable para correrlo en Linux.
distro= Distribuciones de Lunix, hay muchisimas
Suerte.
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Qué viva el Software Libre!!!
Qué viva Linux!!!
