hayvarias cosas que tienees que hacer y pues no se si ya las hiciste:
1- Instalar winsock2 para el 98 , revfisa la pagina de windows update sino hay nada es que ya lo tienes.
2- Conseguir un cable de red UTP5 cruzado, es decir si vas a conectar dos PC's directamente el uno con el otro y no a travez de un switch, hub, etc el cable 'normal' de red no te sirve, ncesitas un cable cruzado, puedes compararlo asi de una vez , pero si eres tu mismo elque lo va a ponchar deberas buscar infromacion en internet acerca de cual o sules son los cables que van diferente.
3- Para win98 debes habilitar la opcion de compartir datos e impresoras en red, a travez de las propiedades de red.
4- En ambos windows debes configurar la informacion de red con IP's estaticas de la misma red y que sean IP's privadas, por ejemplo 192.168.14.15 y la mascara de red tambien la defines tu, pero lo ideal seria: 255.255.255.0.
5-Tambien debes habilitar los protocolos de comunicacion en ambos sistemas , como minimo familia de protocolos TCP/IP y NetBios.
Al hacer estos cambios ya debe estar conectado el cable de red... windows 98 se reicinia para recompilar el nucleo de red de acuerdo a la infromacion que has configurado, windows 2000 no porque no necesita recompilarce...
y listo..